A Pilisi Parkerdő Zrt. kezelésében lévő területek 62%-a védett, ezekből 17% fokozottan védett. Olyan különleges tájakon kezeljük erdeinket, mint a Budai, a Pilisi és a Gödöllői Tájvédelmi Körzet, a Pilis Bioszféra Rezervátum, vagy a Szénások Európa Diplomás Terület. Ebből adódóan is mindennapi munkánk része a természetvédelem. Az erdőgazdálkodási munkálatokat a növényzet és a talaj épségének érdekében a terepviszonyokhoz alkalmazkodva, a lehető legkíméletesebb módszerekkel végezzük, kerüljük a károsítók, gyomnövények elleni vegyszerek alkalmazását. Elősegítjük a ritka és elegyfafajok, valamint a holt faanyag jelenlétét erdeinkben.